یکی از قابلیت‌هایی که بصورت جزئی از سیستم‌های اتوماسیون اداری درآمده زیر سیستم فکس است که اکثر سیستم‌های اتوماسیون اداری مبتنی بر Microsoft Fax هستند.این استفاده گسترده بعلت API ساده و رایگان Engine این نرم‌افزار است. شرکت مایکروسافت سرویس Fax خود را جهت کاربردهای متوسط طراحی نموده و با توجه به افزایش ارتباطات الکترونیک برنامه‌ای نیز برای گسترش آن ندارد. از اینرو سرویس Microsoft Fax در کاربردهای وسیع دارای اشکالاتی است که مهم‌ترین آن‌ها عبارتند از:

1. عدم ارسال فکس در تلفکس‌ها: در تماس‌هایی که دستگاه گیرنده اتومات نبوده و شخص پاسخگوی تماس تلفنی است، نیاز به درخواست از شخص پاسخگو جهت استارت نمودن فکس وجود داشته که عملاً در این حالت می‌بایست فکس بصورت دستی ارسال شود. جهت رفع این مشکل نیاز است که پیغامی صوتی پیش از ارسال فکس پخش شده که Microsoft Fax بعلت عدم پشتیبانی از قابلیت‌های صوتی، چنین قابلیتی را ندارد. بنابراین عدم ارسال فکس در تلفکس‌ها مشکلی است که همیشه وجود خواهد داشت.

2. صحت تبادل فکس: در برخی از موارد فکس بصورت ناقص یا ناخوانا دریافت شده (بصورت کج یا کشیده) و یا در هنگام ارسال فکس، علیرغم مشاهده گزارش صحیح ارسال (پیغامOk)، گیرنده هیچ فکسی را دریافت ننموده است. این اشکال بعلت عدم پشتیبانی از قابلیت ECM رخ داده که در Microsoft Fax پیاده‌سازی نشده است. بنابراین مکانیزم تصحیح یا کشف خطا وجود نداشته و دریافت فکس‌های ناقص کماکان وجود خواهد داشت.

3. ارسال چند باره فکس‌ها: در پایان هر فکس، گیرنده پیغامی را به معنای دریافت صحیح فکس به فرستنده ارسال می‌نماید. در صورتیکه فرستنده، این پیغام را دریافت ننماید، خطای Disconnection Error رخ داده و فکس مجدداً ارسال می‌شود. این موضوع سبب دریافت چندبارة یک فکس توسط یک گیرنده می‌شود. در نرم‌افزار Microsoft Fax تکرار خطاها (از جمله خطای Disconnection Error) قابل تنظیم نبوده و Microsoft Fax در صورت عدم دریافت تأییدیه، اقدام به ارسال مجدد فکس می‌نماید. این ارسال مجدد ممکن تا دفعات بسیار زیاد (مانند 60 یا 100 بار) نیز ادامه یافته که سبب نارضایتی گیرندگان و هدر رفت منابع خواهد شد.